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 PROGRAMA
DE GENÓMICA, PROTEÓMICA Y BIOINFORMÁTICA
I. OBJETIVOS
El desarrollo de técnicas de investigación genómica
y proteómica ha permitido afrontar por primera vez el
estudio de la expresión génica global durante respuestas
celulares y estados patológicos y su evolución dinámica
en el tiempo. Esta capacidad tecnológica tiene una relevancia
especial en el campo de la investigación del cáncer.
El poder resolutivo de estas nuevas técnicas ha permitido
ya en algunos casos distinguir molecularmente muestras
tumorales que eran indistinguibles a nivel clínico y
caracterizar el espectro de acción de algunos fármacos
experimentales. Por todo ello, consideramos que las
técnicas de investigación genómica y proteómica tienen
una importancia capital en un futuro cercano tanto para
esclarecer procesos biológicos y mecanismos de desarrollo
tumoral como para permitir la evaluación clínica y farmacogenética
de pacientes a nivel hospitalario. El acceso inmediato
a estas nuevas tecnologías es, por tanto, esencial si
se quiere mantener una posición competitiva en el campo
de la investigación oncológica a nivel básico, clínico
o aplicado. Por ello, los objetivos de la Red de Centros
en este Programa son los siguientes:
(1) Apoyar las líneas de investigación básica, clínica
y traslacional de los diferentes grupos y Programas
de la Red de Centros de Cáncer.
(2) Apoyar las tareas de diagnóstico y prognosis de
los departamentos clínicos de la Red.
(3) Coordinar su actividad con otros Programas de
la Red para contribuir al esclarecimiento de los procesos
biológicos inherentes al desarrollo del fenotipo tumoral.
(4) Apoyar el desarrollo y verificación farmacogenética
de los agentes antitumorales en desarrollo por los
diferentes nodos de la Red.
(5) Servir de apoyo técnico en las investigaciones
genómicas y proteómicas de instituciones o empresas
nacionales.
(6) Desarrollo e implantación de nuevas técnicas genómicas
y proteómicas de servicio a la Red de Centros de Cáncer.
(7) Ofrecer apoyo bioinformático para el diseño, elaboración,
estudio estadístico e anotación funcional de los datos
genómicos y proteómicos obtenidos por los miembros
de la Red.
(8) Participar de manera consorciada en convocatorias
públicas o privadas de fondos para reducir el coste
de los servicios o, en su caso, la implementación
de nuevas metodologías en estos campos.
(9) Ser un intermediario entre la Red y networks europeos
de investigación en estas áreas de investigación.
(10) Permitir la formación técnica de personal especializado
que preste servicios en estas áreas en los distintos
nodos componestes de esta Red.
Los objetivos de este Programa se basan, de manera
primaria, en la oferta de servicios integrales en
las áreas genómicas, proteómicas y bioinformaticas
a los miembros de la Red, tanto en lo que se refiere
a programas verticales como horizontales. Junto a
ello, existe un componente importante de desarrollo
nuevas tecnologías con las que ampliar la panoplia
de servicios ofertados a los miembros de la Red.
II. HISTORIAL PREVIO DE ESTE PROGRAMA (AÑOS
2003-2005)
Este Programa no surge de novo, sino que es la continuación
natural del Programa de Genómica y Proteómica establecido
durante el transcurso de la Red Temática Cooperativa
de Centros de Cáncer (RTCCC) del periodo 2003-2006.
Por tanto, su organización y funcionamiento seguirá
una línea continuista sobre el anterior, salvando cambios
que se discutirán en los siguientes apartados para optimizar
todavía más su funcionamiento. El Programa se instauró
justo al comienzo de la Red anterior (año 2003) tras
la constatación por parte de sus componentes de dos
realidades importantes en el panorama científico español.
Por un lado, se vio la necesidad de aplicar las nuevas
tecnologías desarrolladas en el área de genómica y proteómica
para poder contribuir a un mejor conocimiento de la
célula tumoral, tanto en lo que se refería a una mejor
caracterización molecular de las causas genéticas que
están detrás del proceso tumorigénico, como para avanzar
en el diagnóstico de tumores y el desarrollo de nuevas
vías de tratamiento antitumoral (tanto a nivel de desarrollo
de nuevos fármacos como desde un punto de vista farmacogenómico).
Por otro lado, se constató la dificultad de una implantación
general de dichas técnicas en nuestro país, tanto por
el coste económico como por la falta de personal especializado
disponible en esos momentos. Para paliar estos problemas,
la RTICCC decidió establecer un programa horizontal
que hiciese posible el acceso general de las técnicas
genómicas y proteómicas a todos los investigadores de
la Red.
Los objetivos de este Programa englobaban el desarrollo
de líneas de investigación para el desarrollo y optimización
de técnicas genómicas y proteómicas así como, de manera
fundamental, la implantación de un servicio de apoyo
técnico que permitiese la realización eficiente de aquéllas.
Para ello, la RTICCC destinó financiación que permitiese
al Programa un abaratamiento de precios (por ejemplo,
mediante la sufragación de los gastos de mantenimiento
de equipos o una negociación consorcidada de precios
con las empresas comerciales) y la contratación de personal
técnico.
Para la implantación del Programa, el Comité Ejecutivo
de la RTICCC nombró en el año 2003 a dos coordinadores,
los Dres. Oriol Bach (Hospital Clínic de Barcelona/IDIBAPs,
Barcelona) y Xosé R. Bustelo (CIC, Salamanca), que se
encargaron de coordinar las secciones de proteómica
y genómica, respectivamente.
Para poner el Programa en marcha, los coordinadores
nacionales emitieron una convocatoria a todos los nodos
participantes de la RTICCC para seleccionar las Unidades
Técnicas de Servicio. Para facilitar la efectividad
del Programa a nivel práctico, se impusieron varias
condiciones para que los nodos pudiesen participar como
Unidades Técnicas: en primer lugar, se exigió que poseyesen
todo el equipamiento necesario y el personal técnico
formado. En segundo lugar, se exigió que tuviesen servicios
que pudiesen atender solicitudes de servicio tanto internas
como externas con alta capacidad de procesamiento, rapidez
y fiabilidad. En tercer lugar, se exigió que se sometiesen
a controles de calidad periódicos y a una fiscalización
regular de sus servicios a la Red. Finalmente, se decidió
que las actividades del Programa fuesen evaluadas periódicamente
por el Comité Científico Externo de la RTICCC.
El resultado de este periodo inicial de puesta en marcha
del Programa fue la selección de ocho Unidades Técnicas
de Servicios Genómicos en el año 2003. El Programa puso
en marcha asímismo seis Unidades Técnicas de Servicios
Proteómicos en el año 2003. Debidos a los criterios
de selección, estos nodos pudieron ofertar desde el
primer momento una amplia panoplia de técnicas analíticas.
Para facilitar el acceso y el conocimiento de las técnicas
disponibles, el Programa de Genómica y Proteómica elaboró
en el año 2003 un catálogo de servicios, el cual se
distribuyó a todos los miembros de la Red tanto por
correo electrónico como por internet (consultable en
la dirección www.rticcc.org//docs/p4/catalogo-servicios-genmica-proteomica-2005.pdf).
En dicho catálogo se especifican las técnicas ofrecidas
por cada Unidad Técnica, los precios de cada servicio
y otros datos de interés (consejos para la preparación
de muestras, descripción de las metodologías ofertadas,
direcciones y formas de contacto con cada Unidad para
el envío de muestras, facturación, etc.). Este catálogo
se ha actualizado periódicamente a medida que se han
ampliado las técnicas ofertadas por cada uno de los
Servicios. En estos momentos, estamos en la edición
número cuatro de dicho catálogo de servicios (emitida
en Septiembre de 2005, también disponible en internet
en la dirección indicada más arriba).
Junto a estos servicios técnicos, se estableció un calendario
regular de actividades formativas que incluyeron: (i)
Cursos teóricos sobre la base metodológica de las tecnologías
genómicas y proteómicas. (ii) Cursos prácticos de técnicas
genómicas así como de análisis de datos. (iii) Estancias
cortas de aprendizaje de personal en las propias Unidades
de Servicio del Programa. Esto ha permitido formar a
personal especializado en estas áreas que en la mayoría
de los casos se han incorporado a las propias Unidades
Técnicas del Programa.
Finalmente, el Programa ha participado en diferentes
iniciativas para obtener financiación que abaratasen
todavía más los servicios genómicos y proteómicos o,
alternativamente, que permitiesen establecen esfuerzos
cooperativos de investigación en el área de la genómica
y proteómica del cáncer. Dentro de los primeros, cabe
destacar que grupos pertenecientes a este Programa lideraron
y participaron en diversos proyectos financiados por
la Fundación Genoma España, como son el Instituto Nacional
de Bioinformática (todavía vigente), el consoricio ProteoRed
(todavía vigente) y los consorcios Genechip y Aginet
(destinados a abaratar los precios de microarrays comerciales).
Información acerca de cada uno de estos proyectos puede
obtenerse en la página web de la Fundación Genoma España
(www.gen-es.org).
La proyección internacional se ha establecido a través
de la participación de uno de los coordinadores del
Programa, el Dr. Xosé R. Bustelo, como miembro y representante
español dentro de la sección “High throughput technologies”
de la European Alliance Against Cancer (EACC), una organización
pan-europea que cataliza la coordinación de servicios
e investigación entre todos los países de nuestro entorno.
Tras estos cuatro años de trabajo, el Programa está
ya consolidado, ofreciendo una amplia gama de tecnologías
genómicas y proteómicas a todos los investigadores nacionales
a precios cada vez más reducidos. Como demostración,
en el año 2005 se han hecho un total de 18.778 servicios
de secuenciación, 2.909 servicios de genotipado y 3.357
servicios de análisis genómicos y/o suministro de microarrays.
En el caso de proteómica, se han contabilizado un total
de 8.893 servicios el año pasado. En cuanto a programas
de formación, se han realizado en el periodo 2003-2005
un total de 88 actividades de formación y se han obtenido
un total de 101 proyectos de investigación relacionados
con técnicas genómicas y proteómicas. La actividad del
Programa ha recibido cada año la calificación de “excelente”
por parte del Comité Científico Externo (formado por
científicos extranjeros) de la anterior RTCCC, lo que
permite dar una estimación objetiva de nuestras actividades
a lo largo de estos años. Los precios de los servicios,
al menos en lo que concierne al uso de microarrays,
han sufrido un abaratamiento de casi un 50% respecto
al año de inicio del Programa. Los informes anuales
de trabajo de este Programa pueden encontrarse para
su evaluación en la página web de la RTICCC (http://www.rticcc.org/visorDeDocumentos/;
seleccionando seguidamente las carpetas RTICCC_2002,
_2003, etc. y buscando los informes del Programa).
III. ORGANIZACIÓN DEL PROGRAMA
Gracias al trabajo previo llevado a cabo en los tres
años anteriores, el nuevo Programa de Genómica, Proteómica
y Bioinformática de la RTCCC está ya establecido y en
marcha, poseyendo ya una red de asistencia técnica y
formación que sirve a todos los investigadores nacionales
que deseen hacer uso de técnicas genómicas y proteómicas.
Los servicios que se ofertan incluyen un amplio abanico
de metodologías y tiempos de ejecución rápidos. Sin
embargo, aunque este nuevo Programa es esencialmente
continuista sobre lo ya establecido, hemos aprovechado
esta nueva andadura para cambiar algunos puntos importantes
de la organización. Por un lado, hemos reducido el número
total de Unidades de Servicio (antes 8, ahora 4 más
una de bioinformática) basándonos en el historial de
servicios previos y, además, en la propiedad básica
de que se puedan ofertar servicios reales altamente
homologados de “high-throughput” de manera eficiente
y rápida a los científicos de la Red. Por ello, han
quedado fuera Unidades que, o tenían ofertas tecnologicas
muy reducidas o de poco throughput o, alternativamente,
que no participaron activamente en servicios externos
durante el period anterior. Pensamos que el número de
Unidades ahora presentadas poseen suficiente experiencia
y high-throughput para asegurar unos servicios eficientes
y rápidos a todos los miembros de la Red. Junto a ello,
hemos decido unificar a este Programa todo el componente
bioinformático que antes estaba independiente. Esto
surgió tras la constatación de que el componente bioinformático
estaba todavía poco desarrollado dentro de la Red, sobre
todo para la asistencia en el diseño, análisis estadístico
y anotación funcional de los datos obtenidos. Con esta
unificación, esperamos que estos problemas se solucionen
y, además, se mejore la coordinación con las dos ramas
restantes del Programa. Finalmente, se ha decidio cambiar
la estructura organizativa para mejorar la coordinación
del Programa en su conjunto. A continuación comentamos
los aspectos básicos de este Programa
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