Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO), Madrid

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I. INFORMACIÓN GENERAL

NOMBRE DE UNIDAD	Unidad de Genómica
CENTRO DE LA RED	CNIO
RESPONSABLE DEL SERVICIO	Ignacio Casal
TELÉFONO DE CONTACTO	91 2246900
E-MAIL DE CONTACTO	icasal@cnio.es
NOMBRE DEL TÉCNICO DE SERVICIO	Ana Dopazo
E-MAIL DE CONTACTO	adopazo@cnio.es
TELÉFONO DE CONTACTO	91 2246984
FAX DE CONTACTO	91 2246972
NOMBRE DEL TÉCNICO DE SERVICIO	Orlando Domínguez
E-MAIL DE CONTACTO	odominguez@cnio.es
TELÉFONO DE CONTACTO	91 2246982
FAX DE CONTACTO	91 2246972
DIRECCIÓN PARA FACTURACIÓN
NOMBRE
INSTITUCIÓN	CNIO
CALLE
CÓDIGO POSTAL	28029
LOCALIDAD	Madrid
DIRECCIÓN PARA EL ENVÍO DE MUESTRAS
NOMBRE	Unidad de Genómica
INSTITUCIÓN	CNIO
CALLE	c/ Melchor Fdez. Almagro 3
CÓDIGO POSTAL	28029
LOCALIDAD	Madrid

II. CATÁLOGO DE SERVICIOS OFERTADOS

SERVICIOS OFERTADOS	NOMBRE DE TÉCNICO RESP.	TIEMPO ESTIMADO DE SERVICIO(EN DÍAS)	PRECIO DEL SERVICIO (INCLUYENDO IVA)
Secuenciación de DNA	Orlando Domínguez	2	14 euros / reacción
Análisis de fragmentos de DNA	Orlando Domínguez	2	245 euros / 95 muestras
Amplificación de RNA mensajero	Ana Dopazo	21	140 euros
Control de calidad de muestras de RNA usando el Byoanalyzer	Ana Dopazo	7	7.5 euros *
Oncochip CNIO	Orlando Domínguez	30	170 euros
ratonChip CNIO NIA15K	Orlando Domínguez	30	170 euros
Análisis de la expresión génica utilizando chips CNIO	Ana Dopazo	30	795 euros
Escaneado de chips de vidrio	Ana Dopazo	1	5 euros/chip (mínimo de 4 chips)

III. BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS SERVICIOS OFERTADOS

Secuenciación de DNA

Secuenciación de muestras de DNA proporcionadas por el usuario (http://www.cnio.es/es/servicios/index.asp). Este servicio se puede ampliar a la purificación de moldes clonados en bacteria (consultar detalles).

Análisis de fragmentos de DNA

Genotipado mediante electroforesis capilar y medición de fragmentos de DNA (p.ej fragmentos microsatélites de longitud variable) proporcionados por el usuario (http://www.cnio.es/es/servicios/index.asp). La tarifa se refiere al procesamiento de placas de 96 posiciones conteniendo hasta 95 muestras.

Amplificación de RNA mensajero

Amplificación de mRNA a partir de 1-5 microgramos de RNA total - proporcionado por el usuario - mediante la generación de aRNA (amplified antisense RNA) mediante el método de Eberwine, utilizando la T7 RNA Pol..

Oncochip CNIO

Microarray de cDNA conteniendo 7.600 sondas diferentes y correspondientes a 6.500 genes humanos seleccionados por los investigadores del CNIO. Contiene genes relacionados con cáncer, así como genes específicos de diferentes tejidos y de diferentes vías metabólicas. Su composición puede consultarse en http://bioinfo.cnio.es/data/oncochip/.

ratonChip CNIO NIA15K

Microarray de cDNA conteniendo los 15.000 clones de cDNA de la colección 15K del National Institute on Aging (NIA, NIH) más 420 adicionales de interés en cáncer correspondientes a una selección realizada por el Dr. Marcos Malumbres (CNIO). Puede encontrarse una descripción de la colección NIA15K en http://lgsun.grc.nia.nih.gov/cDNA/15k.html. Solicitar listado de los 420 genes adicionales.

Control de calidad de muestras de RNA

Control de calidad de muestras de RNA total, RNA mensajero y aRNA a partir de 100 microgramos proporcionados por el usuario, con el 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies).
* El precio del servicio varía según el nº de muestras.

Análisis de la expresión génica utilizando chips CNIO

Marcaje de muestras (RNA total, aRNA ó mRNA) e hibridación a Oncochip CNIO o a ratonChip NIA15K. Escaneado de la imagen de hibridación y análisis básico de la imagen. Marcaje de muestras con colorantes fluorescentes mediante incorporación enzimática directa. El servicio puede proporcionar la muestra de RNA de referencia (Human Universal Reference total RNA o Mouse Universal Reference total RNA según el caso, de Stratagene). Hibridación a Oncochip CNIO o a ratonChip NIA15K, según el caso. Adquisición de la imagen de hibridación mediante un escáner ScanArray 5000 XL (PerkinElmer) o Agilent G2565BA. Ajuste de rejilla de adquisición, etiquetado de posiciones anotadas, cuantificación de intensidades brutas y normalización con respecto a la mediana mediante el software GenePix4.0 (Axon Instruments) o Agilent G2566AA Feature Extraction (Agilent Technologies). Preprocesamiento de datos para experimentos múltiples: transformación logarítmica, procesamiento de réplicas, imputación de señales no detectadas y estandarización de datos filtrados. Análisis básico: comparación de pares de muestras con diagrama de correlación, extracción de genes expresados diferencialmente y agrupamiento primario. El usuario recibe un CD conteniendo las imágenes del experimento, y los datos brutos y normalizados en hoja de cálculo (MS Excel).